IFU er en uafhængig selvstændig fond tilknyttet Udviklingsministeriet. Udviklingsministeren udpeger fondens bestyrelse og den administrerende direktør.

Derudover er IFU en selvejende institution, som har en særlig forpligtelse og engagement i forhold til at sikre god ledelsesstil, høje miljøkrav og social ansvarlighed i forbindelse med de projekter i udviklingslandene, som fonden investerer i.